首先，在疫病的防治上，可充分发挥治未病的优势。西医学在应对流行性时，主要针对致病微生物进行防治，但致病微生物会不断变异，新的致病微生物会不断产生。若仅仅盯住致病微生物，就会老是被动地跟在致病微生物后面跑。事实启示我们：人体的抗病能力、致病微生物的传染力和生物学特性，都受制于自然大环境的变化条件。
如果我们把握好疫病的发生发展规律，在与致病微生物的斗争中，就能变被动为主动。中医天、人、邪三因致疫学说，将是对西方医学流行性病因学的必要补充和重大突破！
其次，运气理论也是分析疫病病因病机的重要依据。拿甲流来说，今年五运六气主寒湿，夏天中伏不热，阴雨连绵；入冬寒流时间之早和强度之烈，为历史所罕见。如此明显的天气特征，岂能对疫病无影响？故需要深入探讨一下受寒邪的热病与受温邪的热病在辨证治疗上的差别。
运气学说不仅仅是疫病预测的问题，五运六气思想还渗透到中医学理论的各个方面，《黄帝内经》的理论基本建立在五运六气基础之上，“五藏六腑”显然源于五运六气，“六经辨证”其实就是“六气辨证”，十二经络之前先有五六相加的“阴阳十一脉”，故需要用五运六气来重新认识的构架原理和起源问题。中医中的许多疑点难点如“七损八益”、“肝左肺右”、“右肾命门”、六经与卫气营血的关系等等，大多与运气有关。掌握了五运六气，这些问题均可迎刃而解。
历史上中医各家学说的产生，也跟五运六气有直接关系。
若谓东垣生于战争年代，人民流离失所，吃不饱肚子而需调补脾胃，则吴有性所处时期为明末战乱加连年灾荒，人民同样吃不饱饭，何以吴氏治疫就不用调补脾胃了呢？吴氏所遇是“崇祯辛巳（公元1641年）大疫”，1641年往前推三年是1638年戊寅，据清代马印麟《瘟疫发源》记载：“崇祯十二年戊寅，刚柔失守，天运失时，其年大旱。”按运气理论戊年刚柔失守，“后三年化疠，名曰火疠也……治之法可寒之泄之。”吴有性擅用苦寒泄热取效，可证当时流行的正是火疫。
又如清代名医王丙（朴庄）喜用温药而少用寒凉，陆九芝多用寒凉而抨击辛温，若不懂五运六气，必谓二人为对立学派。实际上，王丙和陆九芝都信奉五运六气的大司天理论，王丙生于乾隆时期，“公之所治无不以温散温补见长，盖公固明于大司天之六气，而自知其所值为湿寒也。”而陆九芝所处同治光绪年间，按大司天已是阳明燥金、少阴君火用事，陆氏自谓“余于甲子年独以石膏、芩、连清而愈之。……证以我躬亲历，而病之各随司天以变者，弥益显然。”
故从运气学说入手，可澄清中医学术中大量历史“悬案”。不懂五运六气，就不会真正搞懂中医理论。五运六气研究关系到对整个中医理论的阐述和评价，已不容回避。