慢性咽炎的病因有多方面，综合起来分为以下三类：
外界因素：生活地域气候寒冷、干燥，工作环境空气被粉尘、化学气体污染，烟酒、辛辣饮食长期刺激，都易得慢性咽炎。
局部因素：急性咽炎反复发作，可转为慢性。邻近器官疾病，如慢性扁桃体炎、牙跟炎、龋齿、慢性鼻炎、慢性鼻窦炎等炎性分泌物流入咽部，或慢性鼻病造成鼻通气困难而用口呼吸;以及咽部长期受刺激而呈慢性炎症改变。
全身因素：长期生活不规律;疲劳、精神紧张，使身体抵抗力下降;细菌和病毒容易反复感染。过敏体质的人对外界环境、气候的改变过度敏感，容易感冒，引起咽炎。