下肢静脉曲张
跷二郎腿时，膝盖受到压迫会影响下肢血液循环，两腿长时间保持一个姿势不动，血液运行受阻，很有可能造成腿部静脉曲张或栓塞。严重时会出现腿部青筋暴突、溃疡、静脉炎、神经痛等。另外，个别人会因腓总神经长时间受压缺血，导致运动和感觉功能受损，可出现下肢麻木、酸痛，甚至突然不能行走的后果。
脊柱变形和腰背痛
人体正常脊椎从侧面看应呈“S”形，这种生理弧度有助于支撑人体骨架。常跷二郎腿，脊椎有可能变成弧形状（“C”字形），造成腰椎与胸椎压力分布不均，引起脊柱变形，有的则会导致腰椎间盘突出，形成慢性腰背痛。有专家认为，经常跷二郎腿，还是加重颈椎病、腰肌劳损的重要原因之一。青少年处于生长发育期，常跷二郎腿容易形成驼背和脊柱弯曲。
诱发心脑血管病
跷二郎腿会导致血液上行不畅，使回流心脏和大脑的血液量减少或速度减慢。这会影响大脑和心脏功能，也容易诱发高血压、心脏病等，尤其是有心脑血管病的老人，更应警惕。糖尿病患者循环功能差，久跷二郎腿，还可能导致糖尿病加重。
影响精子生成
男子睾丸维持相对偏低的温度，有助于精子生成。高温会阻碍精子存活和生成。跷二郎腿时，下身因双腿叠压不透气，生殖器官周围的温度会升高，特别是在夏季，男性下身若是闷潮不透气，就可能导致精液质量下降，进而会影响生育。曾有调查显示，10个男性不育症患者中，有3~4个就有跷二郎腿的习惯。
加重前列腺疾病
前列腺肥大患者，长时间跷二郎腿会压迫盆底肌肉收缩，使增生的前列腺向尿道管扩张，从而压迫尿道，由此造成排尿困难，严重者可导致闭尿。跷二郎腿还会影响前列腺局部的微循环，使前列腺腺管排泄不畅，有可能使慢性前列腺炎加重。