国际民防组织有三个机构：大会、执行理事会、秘书处。
大会是该组织的最高权利机构，由各会员国代表组成。大会每两年举行一次例会。大会主席和副主席由大会选举产生，任期两年。
执行理事会是执行机构，每年例会一次。执行理事会成员由十六个国家代表组成，经国际民防组织大会选举产生，任期四年，两年改选半数。执行理事会选举产生该会的主席和副主席。
秘书处是该组织的常设办事机构，驻地日内瓦。秘书长由国际民防组织大会产生，任期4年。
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