中国消费的大豆，80%是进口的，主要从美国、阿根廷、巴西进口，进口的大豆基本上是抗除草剂的转基因大豆。对此，很多人有疑问。
疑问一：除草剂有毒，抗除草剂的转基因大豆会不会含有除草剂？转的基因有没有毒？
解释：抗除草剂的转基因大豆田里，喷洒的是高效低毒的草甘膦。草甘膦的除草原理是：喷洒杂草，被茎叶吸收，传到全株，抑制氮代谢酶，阻断氮代谢，氮代谢的终端产物是蛋白质，蛋白质是细胞的必需成分，没有蛋白质就不能形成细胞，杂草因此而枯。
草甘膦入土，与土壤中含量丰富的铁、铝结合而失效，不能被大豆的根系吸收。
转基因大豆抗草甘膦的原理是这样的：草甘膦的作用是抑制植物氮代谢的酶，如果让大豆增加这种酶，就可抵消草甘膦的作用；科学家发现大肠杆菌有一个基因，可以增加氮代谢的酶，将此基因转入大豆，可使大豆的氮代谢酶增加50倍，抵消了草甘膦的作用还绰绰有余。这样，喷洒草甘膦就只伤杂草，不伤大豆。
草甘膦的毒性极低。用小白鼠和兔子做实验，致毒剂量为每公斤体重5000毫克，而且不在体内积累，很快排出体外。推及人，一个成年人一次吃半斤草甘膦才会致毒。
关于残留，绝对的纯，是没有的，这是哲学，也是科学。草甘膦在大豆植株和子粒里也有极其微量的残留。茎叶残留量为每公斤3~5毫克，折算为百万分之三至百万分之五；大豆子粒残留量为每公斤0﹒1~0﹒01毫克，折算为千万分之一至亿分之一。婴儿奶粉中三聚氰胺的允许量为百万分之一，相比之下，可见大豆子粒中草甘膦残留真是微不足道，根本不必检测，所以不设检测标准。
总之，转基因大豆的根系不会吸收草甘膦；转基因大豆中的草甘膦残留微不足道，不影响健康；转入大豆的基因，增加了氮代谢酶，而氮代谢酶是大豆本来就有的，所以也是无害的。
疑问二：网上说俄罗斯科学家做了科学实验，用转基因大豆喂小白鼠，生下的后代一半很快死亡，一半发育迟缓。这多么可怕啊！
解释：这个实验不可信。那个俄罗斯科学家，叫伊丽娜·叶尔马科娃，女，生物学博士，担任俄罗斯国家基因安全研究会副主席。这个研究会不是政府机构，而是民间机构，由反对转基因的人士组成，靠筹集民间资金进行所谓的科学实验，每年都会发布很多关于转基因产品潜在危险的报告和论文，用转基因大豆喂小白鼠的实验只是其中一项，却被中国的一些媒体以及反对转基因的人士视为重大科研成果。
关于转基因大豆安全性的小白鼠实验，在2004年以前，日本、美国、中国的科学家已经做过多次，都证明转基因大豆和非转基因大豆一样安全，论文都已发表。
叶尔马科娃在2005年就公布了她的实验结果，并通过新闻媒体大肆宣传。可是两年以后她也没有正式发表论文。权威的英国《自然》杂志主动联系叶尔马科娃，请她介绍自己的实验，并且组织不同领域的专家进行评估。结果发现，叶尔马科娃的实验漏洞百出。
科学界自有一套公认的动物毒理学研究方法和实验标准，但是叶尔马科娃却完全没有遵照，所以她的实验结果不被科学界承认。最后，她在一个俄文杂志上发表了实验结果，但是却没有经过国际同行的评审。越是惊人的科学结论越是需要国际同行评审，不经国际同行评审，所得结果就毫无意义。
疑问三：为什么不用本国的非转基因大豆，却要进口那么多转基因大豆？
解释：1.我国的非转基因大豆不足所用，所以才进口转基因大豆。经济发展，生活水平提高，食用油消费供不应求，与其进口大豆油，不如进口大豆，榨油后的豆粕也是配合饲料不可或缺的，养殖业对豆粕的需求不亚于人民生活对大豆油的需求。2.改革开放，政策放宽，一些合资的油脂企业获得进出口自主权，可以面向国际市场采购大豆。3.中国加入世贸组织，实行农产品贸易自由化，取消了对大豆、小麦等农产品的进口关税，国外大豆随之大量销往中国。中国需求量巨大，每年进口大豆数千万吨，占国际贸易量的一半以上。4.美国、阿根廷、巴西大豆面积广大，机械化耕种，一个人管理几千、几万亩土地，生产成本低，还有政府补贴，因此价格较低，船运到岸价比中国国内的价格还低15%。5.转基因大豆所转的抗除草剂基因与大豆出油率没有关系，但是在转基因之前它就是高出油率大豆。国内大豆出油率17%，而转基因大豆出油率20%至21%。价格低，出油率高，油脂企业怎能不购买转基因大豆呢？
疑问四：转基因食品对健康的影响需要时间来证明，吃转基因大豆油总是心有余悸。
解释：说这话的，不是反对转基因，就是怀疑转基因。现实的情况是，油是转基因的、豆腐是转基因的、蛋奶肉也是转基因豆粕喂出来的，全国人民已经吃了十几年了，不都好好的吗？十几年的时间还不能证明无害吗？还有，吃转基因棉花的棉子油也有十几年了。转基因大豆油、转基因棉子油不影响健康，说明其他转基因食品也不影响健康。
疑问五：为什么我国不种植转基因大豆？
解释：我国尚未培育出适合大面积推广的转基因大豆，如果推广需要购买国外的种子，而且，种不种转基因大豆，还存在争议。限于篇幅，不讨论这个问题。